MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ST4/74 plasmid TY474p1

Total Repeats: 377

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016858	TGC	2	6	591	596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016858	AAAG	2	8	9548	9555	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016858	AATT	2	8	9575	9582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016858	AATA	2	8	9585	9592	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016858	T	6	6	9610	9615	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016858	CAG	2	6	9630	9635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_016858	AAG	2	6	9694	9699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016858	TTA	2	6	9724	9729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016858	ATTT	2	8	9795	9802	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016858	GA	3	6	9814	9819	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016858	ATTT	2	8	9826	9833	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016858	TTTC	2	8	9836	9843	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_016858	GTCA	2	8	9872	9879	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_016858	CCT	2	6	9898	9903	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_016858	TTTA	2	8	10653	10660	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016858	AT	3	6	16234	16239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016858	TAT	2	6	16253	16258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016858	TCA	2	6	16274	16279	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016858	A	6	6	16283	16288	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016858	CGC	2	6	16289	16294	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_016858	ATT	2	6	16373	16378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016858	C	6	6	17176	17181	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
23	NC_016858	TCCT	2	8	19658	19665	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_016858	CT	3	6	20621	20626	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_016858	CAG	2	6	25559	25564	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016858	ATTC	2	8	25589	25596	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_016858	CAGG	2	8	26413	26420	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_016858	GCCG	2	8	26436	26443	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
29	NC_016858	CTGA	2	8	26461	26468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_016858	AAT	2	6	30526	30531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016858	TATGAA	2	12	31250	31261	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016858	CCT	2	6	32277	32282	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_016858	T	7	7	32346	32352	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016858	TTTA	2	8	32430	32437	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016858	T	6	6	32856	32861	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016858	AGC	2	6	32972	32977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_016858	T	6	6	32998	33003	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016858	TAC	2	6	33018	33023	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_016858	CGT	2	6	33034	33039	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_016858	TAAAT	2	10	33088	33097	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016858	ATT	2	6	33101	33106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016858	AATTTT	2	12	33145	33156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016858	GTG	2	6	33166	33171	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016858	TGG	2	6	33176	33181	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016858	TTG	2	6	33196	33201	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016858	TGGAGT	2	12	33206	33217	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016858	TTA	2	6	33226	33231	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016858	AGA	2	6	33753	33758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016858	ATA	2	6	33763	33768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016858	AT	3	6	33785	33790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016858	T	6	6	33790	33795	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016858	ACTG	2	8	33835	33842	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_016858	TCT	2	6	33878	33883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_016858	GAA	2	6	33987	33992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016858	TTA	2	6	34037	34042	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016858	ATC	2	6	34071	34076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_016858	T	6	6	34137	34142	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016858	TCA	2	6	34173	34178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_016858	TTC	2	6	34181	34186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_016858	TGT	2	6	34201	34206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016858	CGA	2	6	34232	34237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_016858	ATT	2	6	34247	34252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016858	ATTTT	2	10	34271	34280	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016858	CAGT	2	8	34296	34303	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_016858	CAA	2	6	34425	34430	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_016858	TG	3	6	34440	34445	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016858	AAT	2	6	34556	34561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016858	ACG	2	6	34595	34600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_016858	GCA	2	6	34606	34611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_016858	GGCA	2	8	34657	34664	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_016858	TGA	2	6	34699	34704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016858	A	6	6	34762	34767	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016858	ACG	2	6	34814	34819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016858	TA	3	6	34870	34875	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016858	A	6	6	34883	34888	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016858	GAA	2	6	34893	34898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016858	CAA	2	6	34962	34967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_016858	CAG	2	6	35092	35097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_016858	T	6	6	35119	35124	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016858	CCA	2	6	35125	35130	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_016858	CGGGG	2	10	35176	35185	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
82	NC_016858	AGTTC	2	10	35215	35224	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_016858	TGC	2	6	35275	35280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_016858	GGC	2	6	35284	35289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016858	TGC	2	6	36545	36550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_016858	GGC	2	6	36562	36567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_016858	TAA	2	6	38596	38601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016858	GTT	2	6	39476	39481	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016858	CTG	2	6	39545	39550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_016858	CGC	2	6	39593	39598	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_016858	GTT	2	6	39687	39692	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016858	GCG	2	6	39715	39720	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_016858	CGC	2	6	39797	39802	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_016858	CCG	2	6	39858	39863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_016858	GC	3	6	39887	39892	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_016858	GCG	2	6	39898	39903	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_016858	GCA	2	6	39918	39923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_016858	GCA	2	6	40008	40013	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_016858	CAG	3	9	40075	40083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016858	GAACAG	7	42	40087	40128	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_016858	TAT	2	6	40135	40140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016858	GAA	2	6	40150	40155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016858	GCG	2	6	40555	40560	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016858	C	6	6	40582	40587	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
105	NC_016858	T	6	6	40607	40612	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016858	CG	3	6	40613	40618	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_016858	CAT	2	6	40645	40650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_016858	ACC	2	6	40686	40691	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_016858	CTC	2	6	41158	41163	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_016858	AATG	2	8	41171	41178	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016858	CGC	2	6	41200	41205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_016858	GAAG	2	8	41837	41844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016858	CCG	2	6	41855	41860	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_016858	GATG	2	8	41899	41906	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016858	CGGC	2	8	41962	41969	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_016858	GTC	2	6	42029	42034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016858	TCG	2	6	42042	42047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_016858	A	6	6	42069	42074	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016858	TCTTT	2	10	42095	42104	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_016858	CA	3	6	42136	42141	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_016858	TGT	2	6	42915	42920	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016858	TGAT	2	8	42944	42951	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016858	CCCG	2	8	42954	42961	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
124	NC_016858	GGT	2	6	42975	42980	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016858	CCG	2	6	43428	43433	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_016858	AGG	2	6	44374	44379	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016858	TCA	2	6	44528	44533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_016858	ATA	2	6	44553	44558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016858	CCCGT	2	10	44590	44599	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_016858	CCGG	2	8	44602	44609	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_016858	CGC	2	6	44645	44650	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_016858	A	6	6	44665	44670	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016858	GAG	2	6	44671	44676	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016858	CAT	2	6	44685	44690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_016858	ATTC	2	8	44692	44699	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_016858	AGG	2	6	45578	45583	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016858	TCG	2	6	45622	45627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_016858	TCG	2	6	45680	45685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_016858	ACG	2	6	45755	45760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_016858	CCCGT	2	10	45767	45776	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_016858	ACA	2	6	45846	45851	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_016858	AGG	2	6	45873	45878	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016858	CTC	2	6	45908	45913	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_016858	TTA	2	6	45921	45926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016858	AAT	2	6	46024	46029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016858	TA	3	6	46034	46039	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016858	ATG	2	6	50034	50039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016858	T	6	6	50040	50045	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016858	AAAT	2	8	50078	50085	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_016858	ATT	2	6	61492	61497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_016858	AAAC	2	8	79088	79095	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
293	NC_016858	TA	3	6	79101	79106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_016858	GTTT	2	8	79121	79128	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016858	TGT	2	6	79486	79491	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
296	NC_016858	GC	3	6	79568	79573	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
297	NC_016858	TTA	2	6	79590	79595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_016858	AT	3	6	79597	79602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_016858	GGAA	2	8	79666	79673	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_016858	AATGTG	2	12	79694	79705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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303	NC_016858	TA	3	6	79748	79753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_016858	TTTA	2	8	80300	80307	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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318	NC_016858	CAA	2	6	85601	85606	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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321	NC_016858	ATTT	2	8	86308	86315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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328	NC_016858	CTG	3	9	87227	87235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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331	NC_016858	ATG	2	6	88904	88909	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
332	NC_016858	AACAT	2	10	88913	88922	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.